东京湾畔的晨光尚未驱散都市的夜色，一场离奇的爆炸已拉开序幕。公安警察降谷零，这位以安室透为化名潜伏的“零之执行人”，正面临职责与信念的严酷拷问。他的昔日战友，公安警察风见裕也，因这起爆炸案被拘捕，而所有的证据都诡异地指向这位忠诚的下属。与此同时，毛利小五郎也被卷入漩涡，成为首要嫌疑人。在这张由阴谋编织的巨网中，江户川柯南——工藤新一缩小的身影，再次站在了洞察真相的最前线。
影片的张力不仅在于破解复杂的爆炸手法，更在于深挖角色内心交织的灰色地带。降谷零作为国家秘密的守护者，其行动准则往往游走于法律与道德的边缘。他坚信“我的恋人是这个国家”，为此不惜采取非常手段。这种绝对忠诚与柯南所坚持的“生命至上”、“真相唯一”的信念产生了激烈碰撞。当降谷零为了更大的目标而将普通人置于计划之中时，柯南发出了坚定的质问。二者的对立与最终和解，构成了故事最深层的核心：正义是否存在唯一的标准？不同立场下的“正确”该如何权衡？
在追踪真相的过程中，柯南与降谷零从最初的相互试探、对抗，逐渐走向理解与协作。柯南凭借其无与伦比的推理能力，一步步揭开隐藏在爆炸案背后的惊天阴谋——那是一个企图利用物联网操控全国、进行“独裁”式审判的疯狂计划。而降谷零则动用了公安的秘密力量，在阴影中铺路。这场对决，早已超越了简单的善恶二元，它关乎程序正义与结果正义的古老命题，也展现了在绝境中，不同信念的人如何为了守护共同的价值而并肩作战。
值得一提的是，片中那些紧张推理后的日常片段，常让人会心一笑。比如少年侦探团们又在热烈讨论着什么案子，元太总会嚷嚷着要去侦探吧分享他们的“伟绩”。这些轻松的时刻，仿佛是对沉重主题的一种调剂，提醒着人们，无论世界如何黑暗，那份追求真相的纯粹热情与同伴间的温暖，始终是照亮前路的光。最终，当卫星的威胁被化解，阳光重新洒向海面，每个人都找到了自己的答案。降谷零继续在阴影中守护他的“恋人”，而柯南也明白，在这个复杂的世界里，正义有时需要不同的身影来共同执行。影片在激昂的主题曲中落幕，留下的是对信念的深思，以及对那些在光明与黑暗交界处默默守护之人的深深敬意。