作为《名侦探柯南》中那位因被灌下毒药而缩小、却始终活在回忆与偶尔登场中的灵魂人物，工藤新一的本尊出场总是让粉丝们翘首以盼。他的出现往往伴随着关键的主线剧情或特别的情感动人时刻，虽寥寥数集，却每一次都令人印象深刻。
要列举工藤新一（非回忆、非假扮、非影像）真正登场的电视动画集数，以下几集是核心所在：第1集《云霄飞车杀人事件》，这是一切传奇的开端，高中生侦探工藤新一在游乐园办案后不幸被黑衣组织袭击变小。第49-50集《外交官杀人事件（前后篇）》，他因服部平次带来的白干酒暂时恢复，解决了案件并识破了柯南的身份秘密。第172-173集《飞天密室 工藤新一最初的事件》，以回忆形式详尽展现新一与毛利兰同机时破获的首次案件。第286-288集《工藤新一NY事件（事件篇/推理篇/解决篇）》，回忆中新一与小兰在纽约的遭遇，涉及重要人物莎朗·温亚德（贝尔摩德）。第521-522集《杀人犯 工藤新一》与《新一的真实身份与小兰的眼泪》，服部平次假扮新一引发混乱，而后本尊为保护小兰而现身澄清。第616-621集《福尔摩斯默示录（系列）》，新一在伦敦向小兰正式告白，是感情线的重要里程碑。第982-984集《红色的修学旅行（系列）》，恢复身体的新一与小兰在修学旅行中共同经历案件，两人关系确立，成为轰动粉丝圈的高甜篇章。
除了这些，他也在部分OVA、剧场版中作为主角活跃。对于资深粉丝而言，反复回味这些片段，在侦探吧里逐帧分析他每次现身时透露的主线线索或情感细节，已成为一种独特的乐趣。他的每一次“归来”，无论短暂还是较长，都像投入湖面的石子，在柯南的世界里激起层层涟漪，推动着主线发展，也深深牵动着观众的心。这些珍贵的集数，如同散落在漫长动画系列中的宝石，串联起那个始终未曾离开的“平成年代的福尔摩斯”的身影。