雨夜，东京塔在墨色中泛着冷光。米花市又一次陷入离奇的命案——一位知名企业家在密闭的书房内倒下，唯一的异常是窗玻璃上，用口红潦草画下的一个字母“R”。目暮警官眉头紧锁，现场毫无破绽，这已是本月第三起类似案件。人群外围，一个穿着红色连帽衫的纤细身影静静伫立，雨水打湿了她的帽檐，却掩不住那双锐利如鹰的眼睛。她不是警方的人，却总在案发现场附近出现，媒体给她起了个绰号：“红衣女”。
江户川柯南，身体虽小，头脑却依旧保持着高中名侦探工藤新一的敏锐。他早已注意到了这个神秘女子。她出现的时间点太过巧合，对现场细节的观察角度甚至比一些刑警还要专业。更让柯南在意的是，她似乎也在有意无意地引导着调查的视线，仿佛在参与一场只有她自己知晓规则的棋局。是敌是友？是另一双窥视真相的眼睛，还是黑暗中布下迷局的操盘手？
线索在一家名为侦探吧的复古酒吧汇集。这里聚集着许多私家侦探和案件爱好者，信息如同酒液般在昏暗灯光下流动。柯南从阿笠博士的闲聊中得知，“红衣女”也曾在这里出没，沉默地坐在角落，听人们高谈阔论最近的“R”系列案件。柯南假借毛利小五郎之名展开推理，指出三起案件表面独立，实则通过受害者早年共同参与的一项被掩盖的医疗事故联系在一起。当他即将点出关键证据所在时，目光与角落里刚刚起身的红衣女子瞬间交汇。她压低了帽檐，迅速消失在门外的夜色中，桌上留下一张未被饮尽的苏打水垫纸，背面有一个极淡的“R”印记。
警方根据柯南的推理找到了决定性证据，真凶落网。然而，关于“红衣女”的谜团并未解开。她是谁？那个“R”是挑衅，是签名，还是某种警示？柯南回忆起垫纸上那抹特殊的栀子花香，与黑衣组织记忆中某种若有若无的气息截然不同。她仿佛一个游走在光与影边缘的观察者，用她的方式介入案件，却又拒绝站在聚光灯下。或许，她有着必须隐匿身份的理由，或许，她也在这错综复杂的都市迷宫中，追寻着属于自己的那份真相。雨停了，东京的霓虹重新变得清晰，而下一个案件，或许仍会在某个角落，与那抹醒目的红色不期而遇。