东野圭吾的作品数量庞大，且并非所有作品都遵循严格的时间线，因此读者常对阅读顺序感到困惑。通常，其小说顺序可从两个维度梳理：出版时间顺序与系列关联顺序。
按出版时间，早期作品如《放学后》（1985年获奖出道作）风格偏向本格推理，随后他经历了近十年的探索期，推出了《白马山庄杀人事件》等作品。1990年代后期是其创作成熟与转型的关键阶段，《秘密》（1998年）标志着社会派元素的深化，而《白夜行》（1999年）与《嫌疑人X的献身》（2005年）则奠定了其巅峰地位，两者虽无直接关联，但皆将情感与人性困境置于谜题核心。进入21世纪，他笔耕不辍，既有《解忧杂货店》（2012年）这样的治愈之作，也有《祈念守护人》（2020年）等近期作品。
若按系列关联，则可分为几条主线。“伽利略系列”以物理学家汤川学为核心，顺序可从《侦探伽利略》（短篇集）开始，继以《预知梦》、《嫌疑人X的献身》，再到《圣女的救济》、《伽利略的苦恼》等，该系列融合科学推理与人性洞察。“加贺恭一郎系列”则从《毕业》（1986年）展开，描绘刑警加贺的成长，《新参者》（2009年）、《麒麟之翼》（2011年）至《祈祷落幕时》（2013年）终章，层层深入家庭伦理与亲情羁绊。此外，还有以侦探天下一浩介为主的“天下一系列”及独立作品如《恶意》、《时生》等。
对于新读者，不必拘泥于严格顺序。若偏爱逻辑推演，可从“伽利略系列”入门；若热衷社会人情，则“加贺系列”更为适宜。许多书迷常在《侦探吧》交流心得，分享各自的阅读路径，有人按出版顺序体会作者演变，有人则随兴趣跳跃选读。无论哪种方式，东野圭吾的小说世界总是以悬疑为外壳，包裹着对复杂人心的持续探问。