要回答“工藤新一VS怪盗基德是几集”这个问题，首先需要明确一个关键点：在《名侦探柯南》的正篇剧情中，以真实身份“工藤新一”与怪盗基德直接对决的剧集，实际上非常稀少。因为故事主线开始时，新一就已缩小为柯南，因此大多数对决都是柯南（或伪装成新一）与基德的较量。不过，若论及标题所指向的、以“工藤新一”之名正面交锋的剧集，最核心的答案指向《名侦探柯南》TV版第76集（对应漫画单行本第16卷）——《柯南VS怪盗基德》。
这一集是怪盗基德的首次登场，也是奠定两人宿敌关系的原点。故事中，基德发出预告函要盗取“漆黑之星”黑珍珠。在调查现场，柯南通过推理识破了基德伪装成小兰父亲的伎俩，并一路追击。在关键时刻，柯南使用了蝴蝶结变声器，以“工藤新一”的声音通过扩音器向基德喊话，公开挑战：“我是高中生侦探，工藤新一！” 这可以视为一次隔着距离的、以“工藤新一”之名的隔空对决。虽然新一本人并未物理现身，但声音与意志的代表，使得这次对决被广泛视为“工藤新一”与怪盗基德的首次交锋。在许多侦探吧的专题讨论中，这一集都被反复提及和分析，被视为不可逾越的经典。
此外，还有几个相关剧集值得列举。在TV版第219集《被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德》中，情况则更为特殊。这是柯南受邀参加黄昏之馆探险，在回忆片段中，完整回顾了基德首次登场的事件。虽然主体是回忆，但明确以“工藤新一VS怪盗基德”为题，强化了两人对决的叙事。而在TV版第521-522集《杀人犯 工藤新一》与《新一的真实身份 小兰的眼泪》中，基德伪装成工藤新一出现在小兰面前，这可以看作是一种“身份”上的直接对决与冒犯，虽然真正的工藤新一并未在场。
严格来说，纯粹由未变小的工藤新一本尊与基德对决的动画原创剧集几乎不存在。他们的对决精髓，早已融入柯南与基德每一次的智斗之中。无论是月光下的滑翔翼，还是人群中的瞬间变装，两人亦敌亦友的较量，早已超越具体集数的限制，成为作品最吸引人的篇章之一。所以，当有人在侦探吧里追问具体集数时，老粉丝们往往会从第76集开始讲起，并延伸出整个波澜壮阔的较量史。