夜色如墨，东京的霓虹在雨水中晕开一片迷离。工藤新一，这位被誉为平成年代福尔摩斯的高中生侦探，在一次跟踪黑衣组织成员的过程中被灌下毒药，身体竟缩小为七岁孩童的模样。自此，他以“江户川柯南”的身份，寄住在青梅竹马毛利兰家中，一边协助她那位糊涂侦探父亲处理各类案件，一边在黑暗中追寻着那个庞大组织的蛛丝马迹。这便是《名侦探柯南》庞大画卷的核心主线，一场智力、勇气与时间的漫长赛跑。
主线故事的核心矛盾，围绕着柯南与黑衣组织的对抗层层展开。组织的存在如同都市传说，其成员皆以酒名作为代号，行踪诡秘，目的不明。柯南在追查过程中，结识了同样因组织而身体缩小的科学家灰原哀，她的加入带来了关于药物APTX4869的关键信息，也使得对抗的天平微微倾斜。与此同时，来自关西的高中生侦探服部平次、神秘莫测的怪盗基德，以及FBI探员赤井秀一、 CIA谍报员水无怜奈等各方势力相继卷入，构成了一个错综复杂、敌我难辨的棋局。其中，安室透的多重身份谜团，更是将这场暗战推向了高潮。
人物的命运与成长是贯穿主线的灵魂。毛利兰在无数次怀疑与柯南身份擦肩而过的煎熬中，始终守护着对新一的思念与信任。而柯南最大的痛苦，莫过于以孩童之躯面对心爱之人，那句未能说出口的真相，成了最沉重的保护。灰原哀从最初的绝望逃避，到逐渐打开心扉，成为并肩作战的伙伴，其心路历程尤为动人。而贝尔摩德对柯南与小兰那种复杂而微妙的“守护”，则为冷酷的组织斗争增添了一抹人性的灰度。
在漫长的连载中，红与黑的碰撞不断升级。从最初的单线追踪，到围绕“银色子弹”赤井秀一的生死之谜，再到朗姆身份的揭晓，层层递进。每一个关键节点——如满月之夜的双重谜案、与基尔的重逢、绯色系列的真相——都牵动着无数观众的心。这些事件不仅推动着剧情，更深刻地塑造了人物，将整个故事的世界观构筑得愈发坚实而恢弘。
对于热衷推理与谜题的粉丝而言，主线剧情是永远的核心议题。无论是在线论坛还是线下的侦探吧，爱好者们总会聚集在一起，细致剖析每一个伏笔，争论每一个角色的立场，试图拼凑出最终结局的轮廓。那些隐藏在日常案件细节里的线索，人物间意味深长的对话，都成了他们抽丝剥茧的素材。这场由作者青山刚昌发起，与读者持续了二十余年的智力游戏，早已超越了作品本身，成为一种独特的文化现象。主线篇的魅力，正在于这漫长时间里积累的厚重情感、精心布置的草蛇灰线，以及那份对光明终将驱散黑暗的笃定期待。