洛阳城近日阴雨连绵，洛河水势陡涨，坊间忽有“龙王震怒，欲覆神都”的流言四起。更奇的是，多名朝廷水师兵卒离奇暴毙，尸身泛出诡异青斑，似中奇毒。朝野震动，武后凤颜不悦，此等悬案，非侦探吧里那些寻常讼师所能解，唯有请出那位善断奇案的狄仁杰。
狄仁杰受命，先验尸身，再探洛河。他发现死者皆曾饮用军中特供的“御风酒”，酒中似有异样。而河岸深处，隐约有巨型生物游弋的痕迹，鳞爪之形，非寻常鱼类。是龙王作祟，还是人为投毒？狄仁杰双眉紧锁，深知案中有案。他并不信怪力乱神，但信人心之诡谲，远胜妖魅。那些在侦探吧中津津乐道的“完美犯罪”，往往就藏在最不可能的传说背后。
线索指向城中的胡商坊与皇家茶庄。狄仁杰携得力助手沙陀忠、尉迟真金，明察暗访。茶庄少东家元镇公子举止怪异，其未婚妻银睿姬更似有难言之隐。而胡商之中，有人暗中提炼一种来自西域的奇异蛊毒，入水则活，噬人肝肠。狄仁杰抽丝剥茧，发现所谓“龙王”，实是有人以蛊毒操控的巨型怪鱼，潜于洛河之下，制造恐慌。而投毒军中，意在削弱大唐水师，其图谋之深，直指王朝根基。
真相逐渐浮出水面，一切皆源于一场精心策划的复仇与颠覆。幕后黑手利用人们对“龙王”的天然敬畏，以神秘传说掩盖其政治与军事目的。狄仁杰于龙王庙中与元镇当面对质，揭穿其因家族旧怨与野心，勾结外邦，培育蛊毒怪物，妄图倾覆神都的惊天阴谋。洛河之上，最终决战在惊涛骇浪中展开，那狰狞的“龙王”在烈焰中哀嚎翻滚，而人心的鬼蜮，也在狄仁杰犀利的目光下无所遁形。
案破，雨歇，神都重见天日。武后对狄仁杰的睿智大加赞赏。然而，望着恢复平静的洛河，狄仁杰心中并无轻松。他知道，只要权力与欲望存在，那些比“龙王”更可怕的阴谋，便会如暗流般永不止息。而他能做的，便是在下一次谣言兴起时，再次用智慧与勇气，为这煌煌神都，拨开迷雾，守住清明。这或许就是为何，后世那些痴迷奇案的人，总爱在侦探吧里反复讨论他的故事，因为真正的传奇，从不因时光而褪色。