那是个再寻常不过的周末午后，工藤新一还只是那个意气风发的高中生名侦探，受邀前往热带乐园。他未曾料到，云霄飞车穿过黑暗隧道的短短几秒，将成为他人生的分水岭。琴酒与伏特加黑影幢幢，一场残忍的“意外”斩首案在轨道上发生。新一以锐利的目光与缜密的推理，当场指认了凶手——那位利用钢琴线、珍珠项链与滑轮完成机关的女体操运动员。案件迅捷告破，却也在同时，为他招来了黑衣组织那致命的注视。
被灌下代号APTX4869的毒药后，身体缩小的新一，跌跌撞撞逃入茫茫人海。世界在他眼中骤然变得巨大而陌生，恐惧与绝望几乎将他吞噬。直到他凭着残存的意志，敲响了邻居阿笠博士家的大门。在博士震惊的目光中，他被迫接受了这个荒诞的现实。也正是在这里，他获得了那个将伴随他此后漫长岁月的名字——江户川柯南。以这个小小的身躯，他住进了青梅竹马毛利兰的家，藏身于她那位糊涂侦探父亲毛利小五郎的身后。
第一集的结尾，定格在一个充满象征意味的画面上：被迫以一年级小学生的模样重新踏入帝丹小学的柯南，坐在教室的角落。窗外是熟悉的街道，却已是截然不同的视角。他脸上那副巨大的黑框眼镜，不仅是为了掩饰容貌，更像是一道屏障，将他与过往那个光芒四射的“新一”彻底隔绝。镜片后的眼神，交织着不甘、坚毅与深沉的孤独。他必须习惯用稚嫩的嗓音说话，必须忍受被当作孩童对待，必须在每一次接近真相时，巧妙地利用麻醉针与变声器，将荣誉归于他人。
这最初的案件，如同一个冰冷的预言，奠定了他未来生活的全部基调：在破解无数谜题的同时，自身却成了最大的谜团；在追逐光明与正义的道路上，自身却不得不隐匿于最深的阴影之中。许多年后，当柯南迷们聚在线上或线下的侦探吧里，重温这传奇的开端，总会感慨万千。一切故事的源头，都始自那列呼啸而过的云霄飞车，始自那个少年眼中世界崩塌又重建的瞬间。从那一刻起，侦探的使命与个人的命运死死缠绕，一场漫长的、隐藏在日常生活之下的隐秘战争，就此无声打响。