关于萨顿提出“基因位于染色体上”这一科学发现的过程，究竟是假说演绎法的典范，还是类比推理的成功应用，一直是科学方法论探讨中的一个有趣话题。这并非简单的二选一，而更像是一位科学侦探吧，在面对生物遗传的谜案时，综合运用了多种推理工具，最终揭示了真相。
首先，必须承认类比推理在这一发现中起到了关键的启发和桥梁作用。在萨顿的时代，孟德尔的遗传因子（基因）行为刚被重新发现，但其物理载体一无所知。与此同时，细胞学研究发现，染色体在减数分裂中的行为（分离与自由组合）与孟德尔遗传因子的行为呈现出惊人的平行性。萨顿敏锐地捕捉到了这种平行关系：基因和染色体都是成对存在，在配子形成时分离，在受精时恢复成对。这并非严格的逻辑演绎，而是一种基于相似性的类比。它像是一把钥匙，为“基因在哪里”这个黑箱问题提供了一个极具说服力的猜想：基因很可能就在染色体上。这个类比，如同侦探在犯罪现场发现了一组与嫌疑人特征高度吻合的指纹，虽然不能直接定罪，却强力指明了侦查方向。
然而，如果仅仅停留在类比，这只能是一个富有想象力的假说。萨顿工作的深刻之处在于，他并未止步于此，而是将这一类比提升到了一个可检验的假说体系，并由此引出了后续的演绎验证。假说演绎法的核心在于从假说中推导出可观察的预测，并通过实验检验这些预测。萨顿的假说（基因位于染色体上）本身，就蕴含着许多可检验的推论。最直接的一个便是：如果基因在染色体上，那么染色体上特定基因的遗传行为，就应该与染色体的细胞学行为完全一致。这为后来摩尔根等人通过果蝇实验进行精确验证铺平了道路。摩尔根团队发现特定性状（如白眼）的遗传果然与性染色体（X染色体）的传递路径完美契合，这就像侦探吧根据嫌疑人的行动路线预测其下一个出现地点并成功蹲守，是对假说的强力实证。这一验证过程是典型的演绎与实验相结合，使萨顿的假说从聪明的猜想变成了坚实的科学理论。
因此，纵观整个过程，类比推理与假说演绎并非对立，而是构成了一个连贯的科学发现链条。类比推理是灵感的火花，是假说生成的创造性源泉；而假说演绎则是锤炼与确证的过程，是假说得以成立的理性基石。萨顿更像是一位大师，他先用类比绘制了一张可能的藏宝图，然后又用假说演绎的逻辑框架，指导了后来者如何按图索骥并最终发掘出宝藏。两者相辅相成，共同完成了这一遗传学史上的里程碑。