雨夜，老旧的钟楼敲响第十二下时，尸体被发现了。现场唯一的异常，是死者圆睁的双眼中，那抹挥之不去的、仿佛还活着一般的暗红色泽，像两汪凝固的血潭。这被媒体惊恐地称为“血色瞳孔”的特征，已是本月第三起。
工藤新一，或者说江户川柯南，蹲在警戒线边缘，镜片后的目光锐利如刀。那股熟悉的、黑暗组织特有的阴冷气息，似乎又隐约弥漫在潮湿的空气里。但他知道，这一次不同。瞳孔中的血色并非药物或病理所致，而是极精密的微型投影装置，在死者眼球上留下的最后影像。凶手在炫耀，更在传达某种信息。
线索凌乱如麻：一位失意的画家、一个破产的商人、一名沉默的图书管理员。他们看似毫无交集，却都以这种极具仪式感的方式死去。阿笠博士的地下实验室里，柯南对着现场照片苦苦思索。灰原哀递过一杯咖啡，淡淡提醒：“执着于表象，往往会忽略瞳孔真正映照出的东西。”他猛然惊醒。那些血色瞳孔，或许不仅是死亡的标记，更是凶手想要世人“看见”的东西。
他重新梳理，发现三名死者多年前曾共同卷入一场被掩盖的工地事故。而事故的唯一目击者，如今是一位技艺高超的义眼制作师。侦探吧里，总有人调侃，说最完美的犯罪是让尸体自己开口。而这一次，尸体确实“开口”了——通过那双被改造的眼睛。
最后的对决发生在义眼师的工作室。满墙玻璃眼球冷冷地注视着一切。凶手没有反抗，只是疲惫地笑着：“他们夺走了我父亲的光明和生命，法律却给了他们光明的人生。既然世人的眼睛都被蒙蔽，那我就给他们一双永远无法闭合的、血色的眼睛，让他们看看自己罪孽的颜色。”血色瞳孔，不是诅咒，是控诉。
事件落幕，阴云未散。柯南走在渐歇的雨中，感到一阵深重的无力。正义的伸张，为何总要以更残酷的悲剧为代价？那双血色瞳孔所映出的，究竟是凶手的偏执，还是这个时常失明的世界本身，那模糊而残酷的倒影？答案，如同雨中的霓虹，冰冷而迷离。