当工藤新一在热带乐园目击黑衣组织的交易时，他未曾想到，自己缩小的身体里会觉醒另一种力量。在阿笠博士的实验室，因一次意外的电击与情绪剧烈波动，他左眼的瞳孔骤然变化，浮现出奇特的勾玉图案——那是宇智波一族的写轮眼。
这双来自异世界的眼睛，为他的侦探生涯带来了颠覆性的维度。在案发现场，他不仅能凭借缜密的逻辑进行推理，更能借助写轮眼的动态视觉，捕捉到常人绝对无法察觉的细微动作：凶手衣袖上一闪而过的反光，钥匙插入锁孔时角度偏差的0.1度，或是毒药粉末在空气中飘散的短暂轨迹。更关键的是，那份名为“观察并复制”的能力。他曾在一个精通魔术手法的凶手面前，仅凭双眼就完全看穿并复刻了其利用视觉死角转移凶器的全过程，在侦探吧的论坛上，这被目击者称为“近乎神迹的现场重现”。
然而，力量伴随风险。写轮眼的使用极度消耗查克拉——在这个世界，则直接消耗着他的体力与精神力。一次追击连环杀手的过程中，过度使用眼睛导致他高烧不退，险些在毛利兰面前暴露身份。灰原哀严肃地警告他，这异变的瞳力或许与APTX4869的药物反应有关，其本质与进化方向皆是未知数，滥用可能导致不可逆的伤害。
与此同时，这双特殊的眼睛也引来了意想不到的关注。黑衣组织代号“波本”的安室透，在一次对决中敏锐地察觉到了柯南视力的异常。而 FBI 的赤井秀一，则在远距离狙击镜后，记录下了男孩眼中那转瞬即逝的诡异红光。世界的暗流开始围绕这双眼睛涌动。
如今，江户川柯南行走在光与影的边界。他用写轮眼洞穿罪恶，守护真相与所爱之人，但内心深处始终萦绕着不安。这双眼睛从何而来？它是否会将自己引向另一个深渊？在下一个案件发生前，他只能将眼镜轻轻推上鼻梁，暂时遮住那抹深邃的猩红。