工藤新一从未想过，那扇通往黑衣组织最终秘密的锈蚀铁门后，涌出的不是枪火，而是一片吞噬一切的白光。再睁眼时，他发现自己缩水成了七岁孩童的身体，却置身于一个全然陌生的朝代。街市上是宽袍大袖的行人，檐角挂着古朴的灯笼，空气里弥漫着香料与尘土的气息。他，名侦探工藤新一，或者说江户川柯南，穿越了。
凭借过人的观察力与逻辑，他很快弄清这是架空的“大晟王朝”。一身现代小学童装束、言语古怪的他，被一家客栈好心的老板娘收留。为了生存，也为了寻找可能同样穿越而来的伙伴或线索，他不得不重操旧业。城东富商离奇暴毙，官府断为急病，柯南却从死者指甲缝中提取出罕见的矿物粉末，结合其书房内熏香炉的异常摆放，推演出了一场精心策划的密室毒杀。他借助孩童身份暗中查探，用简易的化学实验（以醋和小苏打模拟反应）向困惑的县令演示了作案手法，一举破案。
名声悄然传开。坊间开始流传，城里来了个“小神童”，眼如明镜，能窥破一切鬼蜮伎俩。甚至有人暗中将一些疑难卷宗，悄悄放在客栈柜台。柯南便在客栈后院，用树枝在地上画出现场构图，推演着千年前的犯罪心理。老板娘笑他：“你这孩子，莫不是天上文曲星下凡，专司断案？”他推了推并不存在的眼镜，心中苦笑：哪里是什么文曲星，我只是个回不了家的侦探啊。
直到那日，一位身着锦袍、气质冷峻的年轻王爷慕名而来，遭遇的却是王府郡主珍宝失窃案，现场线索全无，护卫森严如铁桶。王爷本不以为意，只是听闻“神童”之名前来一试。柯南勘察现场后，却指出了唯有熟知王府换岗间隙与郡主生活习惯的内贼才能做到的盗窃路径，并利用阳光照射角度，在窗棂的灰尘上发现了极浅的、不属于下人的丝线痕迹。王爷的目光从审视变为震惊。
案件告破后，王爷并未离开，反而屏退左右，目光灼灼地盯着柯南：“孩童躯壳，宗师之智。汝究竟何人？莫非来自海外奇邦，或真是……异世之魂？”柯南心中剧震，表面却维持着孩童的天真。王爷忽然压低声音：“城中近日出现一个秘密集会，名曰侦探吧。成员皆以探案推演为乐，所议案件之奇，手法之精，似非本朝应有之智。阁下，可有意一探？”
柯南的心脏狂跳起来。侦探吧？这绝非这个时代该有的词汇。难道，这并非一次孤独的穿越？白光之中，是否还有他人降临？古老的王朝街道上，他仿佛听到了命运的齿轮，再次咔嚓转动的声音。