夜色浓稠如墨，雨水不断冲刷着米花町的街道，也冲刷着报纸头版那行刺目的铅字：“杀人犯工藤新一”。曾经被誉为“日本警察救世主”的高中生名侦探，如今照片上却被打上了嫌犯的烙印。这桩离奇案件，迅速在网络上发酵，成为街头巷尾最骇人听闻的谈资。
事件的焦点，是一间密室。唯一的钥匙在反锁的房间内，唯一的出口是窗户，而窗外是松软的泥地，并无任何足迹。死者是业界颇有争议的评论家，胸口插着一把匕首，经鉴定，柄上清晰印有工藤新一的指纹。更致命的是，有监控拍到他曾在案发前怒气冲冲地闯入大楼。动机、物证、时机，一切似乎都严丝合缝地指向了他。警方在舆论压力下迅速行动，将他从案发现场带走。昔日他无数次冷静指出真凶的现场，此刻成了他自己的“罪证陈列室”。无数他曾帮助过的人陷入沉默，而更多不明真相的看客，则在侦探吧这样的网络社区里，迫不及待地为他“定罪”，分析他“天才的堕落”，仿佛早已看透这华丽的伪装。
然而，铁证如山之下，仍有一丝微弱的违和感在阴影中蠕动。那扇窗户的插销，内侧有着一道几乎无法察觉的、新的划痕；死者紧握的左手掌心，残留着极少量不属于房间也不属于工藤的奇异纤维。这些细节，在汹涌的“证据”浪潮中被轻易忽略。警视厅的熟人们面容严峻，他们依法办事，内心却交织着困惑与痛惜。整个司法体系像一台精密而冰冷的机器，开始依照既有程序运转，将“工藤新一”这个名字，从荣誉栏移至嫌犯名单。
世界仿佛瞬间颠倒。侦探沦为囚徒，追光者坠入自身投射的暗影。往日凭借缜密逻辑构建的真相高塔，如今正被用来拆解他自己的人生。那些他信奉不疑的“证据”，此刻正编织成困住他的罗网。在拘留所狭窄的单人间里，工藤新一面对墙壁，镜片后的目光却未曾熄灭。他知道，真正的恶魔正藏身于这完美构陷的缝隙之后，嘲笑着正义的沦陷。而破局的唯一方法，或许就是成为自己的委托人，去解开这个以自己为凶器的，最残忍的谜题。雨水继续敲打着铁窗，仿佛在叩问：当侦探被指认为凶手，真相，究竟被谁谋杀？