夜色如墨，雨丝斜织在昏黄的路灯下，将城市浸泡在一片湿冷的寂静里。桃李街十八号的书房内，名满天下的教授李哲倒在血泊之中，手边散落着未完成的学术手稿。现场门窗紧锁，构成一个完美的密室。这已是本月第三起学者离奇死亡事件，现场皆留下一个相同的印记：一枚被揉碎的桃核。
警方的调查陷入僵局，流言却如野草般疯长。有人说，这是学术界的诅咒；也有人说，这是向一个时代的知识精英复仇。就在人心惶惶之际，一个身影悄然推开了那扇虚掩的真相之门。他叫陈默，曾是李教授最得意的门生，如今却因一场旧事被学界放逐，在街角经营着一家不起眼的旧书店。他收到一封匿名信，信笺上只有一行字：“桃李不言，下自成蹊。真相在根里腐烂。”
陈默知道，自己必须回来。他重新踏入那片曾让他荣耀也让他沉沦的“桃李”之地。调查从教授们的共同点开始：他们都来自同一所顶尖学府，都曾是一项国家级科研项目的核心成员，而该项目在十年前因核心数据泄露而夭折，一名叫苏晚的助理研究员背负污名自杀。陈默发现，那枚桃核并非随意之物，它来自校园内那棵著名的“同心桃李树”，当年项目组的成员曾在那里埋下时间胶囊，立誓学术同心。
线索如碎镜，逐渐拼合。陈默在侦探吧的深夜讨论区，与匿名的同行反复推敲，一个细节引起注意：所有死者近期都收到过一份学术期刊校样，校样的油墨气味有细微差异。他顺藤摸瓜，找到一家濒临倒闭的小型印刷厂。在那里，他嗅到了与凶案现场相同的、混合着油墨与苦杏仁味的特殊气息。
真相的轮廓逐渐狰狞。凶手并非外人，而是当年项目组里最沉默的受害者——苏晚的弟弟苏明。他无法忍受姐姐的冤屈与凋零，用十年时间精心策划，化身印刷工，利用校样传递特殊毒物，并利用对旧日誓约之地“桃李树”的熟悉，布置下象征誓言腐朽的桃核，完成了一场为姐复仇的“仪式”。他选择密室，并非炫技，而是为了将焦点锁定在内部，逼迫整个体系反思当年的沉默与不公。
当陈默在雨夜的天台上找到苏明时，对方没有反抗，只是望着灰蒙蒙的城市，轻声说：“姐姐沉沦于黑暗时，那些照亮世界的‘桃李’，没有一束光分给她。”陈默扣住他的手腕，心中并无破案的喜悦，只有无尽的沉重。他自己，何尝不是从“桃李”中沉沦的一员？追凶的过程，亦是刮骨疗毒，直视那片光辉园林之下，盘根错节的阴影与罪愆。雨越下越大，冲刷着街道，仿佛想洗净什么，却只留下一片更深的、潮湿的黑暗。